Kuba ist Heimat zahlreicher Säugetier- und Vogelarten, von denen viele weltweit nur hier vorkommen. Der Schlitzrüssler, auch Almiquí genannt, ist eine der kubanischen Besonderheiten. Sein Aussehen erinnert an eine große, kräftig gebaute Spitzmaus. Das Vorkommen des Schlitzrüsslers ist auf den Nordosten Kubas beschränkt, man findet ihn beispielsweise im Alexander-von-Humboldt-Nationalpark. Wie viele Exemplare dieser stark bedrohten Tierart noch existieren, weiß niemand genau.
Die mit den Stachelschweinen verwandten Baumratten kommen ebenfalls nur in der Karibik vor. Einige Arten, wie etwa die Hutiacongas, leben ausschließlich auf Kuba und teilweise nur auf der Isla de la Juventud. Die farbenprächtigen Gehäuse der kubanischen Polymita-Schnecken sind bei Touristen leider beliebt. Sie gelten als die hübschesten Schnecken der Welt, kommen nur auf Kuba vor, und sind ein wichtiger, aber gefährdeter biologischer Schädlingsbekämpfer auf den Kaffeeplantagen.
Für Vogelkundler ist Kuba aus zwei Gründen ein beliebtes Ziel. Zum einen sind insbesondere die Sümpfe im Süden und Westen der Insel Zwischenstation für nordamerikanische Zugvögel, die dort alljährlich in großen Schwärmen zu beobachten sind. Die kubanischen Feuchtgebiete sind in ihrer Bedeutung mit dem Wattenmeer der Nordsee vergleichbar.
Zum anderen leben hier zahlreiche auf Kuba spezialisierte Vogelarten. Der kleinste Vogel der Welt ist ebenfalls ein Kubaner: Die nur wenige Zentimeter große Bienenelfe kommt auf den Halbinseln Guanahacabibes und Zapata sowie auf der Isla de la Juventud vor.
Als Nationalvogel Kubas gilt der Tocororo. Sein Gefieder schimmert in den Farben der kubanischen Flagge in Rot, Weiß und Blau.
Auf den gewöhnlichen Touristenpfaden wird man aber wohl weder die Bienenelfe noch den Tocororo zu Gesicht bekommen. Die Wahrscheinlichkeit, Großvögel wie Kubaflamingos, Ibisse oder Truthahngeier zu sehen, ist weitaus größer.
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